Mit der Niederlassung des Franziskanerordens im Jahr 1726 in Vohburg beginnt die Geschichte der Antoniuskirche. Zunächst besaßen die Franziskaner lediglich das heutige Haus Ulrich-Steinberger-Platz 6. Am 4. Mai 1726 erfolgte die Grundsteinlegung zur Franziskanerkirche St. Anton von Padua. Schon am 22. Juni 1728 wurde die Kirche eingeweiht. Mit der Säkularisation und der Aufhebung des Franziskanerklosters am 1. April 1802 standen Kirche wie Klostergebäude leer. 

1803-1823 Nutzung als Ersatzpfarrkirche, bis die Renovierung von St. Peter abgeschlossen war. 

Der Magistrat ließ 1852 den Kirchturm auf eigene Kosten erneuern und 1860 ging St. Anton in den Besitz der Spitalstiftung Vohburg über, die eine offizielle Bitte um die Übertragung der Benefizien und Jahrtage von St. Andreas nach St. Anton formulierte. Obwohl einer generellen Instandsetzung und erneuten Weihe der Kirche zugestimmt wurde, kam es vorerst nicht dazu. Stattdessen wurde die Hoffnung auf die Renovierung jäh zerschlagen, als man das Gotteshaus 1866 im österreichisch-preußischen Krieg als Pferdestall für das Heer nutzte.

1880 Rückkauf der Kirche durch Dekan Ulrich Steinberger und Überführung der Gebeine des Seligen Bauern Johann von der Andreaskirche zu St. Antonius.

1945 wurde die Kirche bei einem Fliegerangriff beschädigt - die Instandsetzung erfolgte in den Jahren darauf.

1995 - 1998 Generalsanierung durch Geistl. Rat Joachim Beuchert. 1995/1996 wurde das Zwick'sche Haus von der Sparkasse Pfaffenhofen erworben und zu einem modernen Geschäftsgebäude mit Arztpraxis umgebaut.