Durch Ausgrabungen ist spätestens seit dem 9. Jahrhundert eine wehrhafte Burganlage im Zentrum des Jurahügels nachweisbar. Sie bestand aus einem befestigten Hof mit Gebäuden in Holzbauweise, den eine Holzpalisade schützte. Zum Hof gehörte eine Holzkirche, am Platz der heutigen Peterskirche, wo bereits im 9. Jahrhundert Bestattungen angelegt wurden.
Das von Pfalzgraf Arnulf Mitte des 10. Jahrhunderts gehaltene Kolloquium dürfte in dieser Holzburg stattgefunden haben. Der wichtige Herrschaftssitz Vohburg könnte aufgrund der günstigen Verkehrslage mit Donauübergang bereits damals als Zollstation fungiert haben.