Der Burgberg von Vohburg bildet eine markante Erhebung in der Weite des umliegenden Donaubeckens. Die Donau trennt hier einen nach Süden vorspringenden Felssporn von der Jurahochfläche im Norden ab, deren Anstieg direkt nördlich der Donau beginnt. Heute fließt die Donau als breiter Strom nördlich an Altstadt und Burgberg vorbei. Dies ist das Ergebnis von Flussbaumaßnahmen, die vor allem im 19. und 20. Jahrhundert erfolgten und die natürliche Gewässerlandschaft um Vohburg gravierend veränderten.
Die Landkarte des bekannten Kartographen Philipp Apian von 1568 zeigt, dass der Jurahügel ursprünglich auch im Süden von einem Donauarm umflossen war, der sich kurz nach Vohburg wieder mit dem Hauptstrom vereinigte.
So heißt der Wasserlauf südlich der Altstadt noch heute zu Recht „Kleine Donau“, stellt er doch den Überrest eines ehemals wesentlich breiteren südlichen Donauarmes dar.
Das von Burgberg und Altstadt eingenommene Gebiet lag demnach auf einer Donauinsel und bildete so einen optimalen Standort für eine geschützte Siedlung.
Besonders der an drei Seiten steil abfallende Burgberg mit Zugang im Norden bot seinen Bewohnern Schutz vor Hochwässern und Überfällen. Zudem ermöglichte seine strategisch günstige Lage die Kontrolle von Handels- und Verkehrswegen auf und an der Donau.